协商解除合同是否留档存在以下特殊情况，会对处理结果产生影响：
1. 档案遗失或损毁：若您的个人档案因保管不当发生遗失或损毁，即使原单位已将协商解除合同的材料存入档案，也可能无法查询到相关记录。此时您需向档案管理单位申请补档，但若无法提供原始材料，可能导致协商解除的事实无法证明，影响后续权益。
2. 用人单位未按规定存档：部分用人单位未严格执行档案管理制度，未将协商解除合同的材料存入档案。这种情况下，您需与原单位沟通，要求其补充存档；若原单位拒绝，您可向劳动监察部门投诉，或通过法律途径要求其出具证明并协助存档。
3. 口头协商解除无书面协议：若您与用人单位仅口头协商解除合同，未签订书面协议，档案中自然无相关记录。此时您需收集协商过程的聊天记录、邮件等证据，证明合同已解除，避免后续纠纷。
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协商解除合同过程中，部分当事人可能因操作不当导致档案问题，以下为常见错误操作：
1. 忽视书面协议：仅口头协商解除合同，未签订书面的《协商解除劳动合同协议书》，导致后续无法证明合同已解除，若档案中无相关记录，可能影响就业或社保权益。
2. 未主动查询档案：离职后未及时查询档案内容，未发现协商解除合同的材料未存入档案，直至需要使用档案时才发现问题，增加后续补正的难度。
3. 随意丢弃解除证明：将用人单位出具的《解除劳动合同证明》随意丢弃，未留存原件，若档案中未存档，无法补充相关材料，可能导致权益证明困难。

若您已出现上述错误操作，或对档案问题存在担忧，建议及时向专业律师咨询，避免因档案问题造成更大损失。
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协商解除合同未留档可能引发以下法律风险，以下为具体实例说明：
1. 劳动权益证明风险：若协商解除合同的材料未存入档案，后续您与原用人单位就经济补偿金、社保缴纳等问题产生纠纷时，可能因无法提供合同解除的有效证明，导致维权困难。例如：您主张原用人单位未按协议支付经济补偿金，但档案中无协商解除协议，原单位否认协商解除事实，您需额外收集证据证明，增加维权成本。
2. 就业受阻风险：部分新单位在入职时会审核档案中的劳动关系记录，若档案中无协商解除合同的材料，新单位可能认为您与原单位仍存在劳动关系，拒绝录用。例如：您应聘某国企岗位，该单位审核档案时发现无原单位的解除证明，要求您补充材料，若原单位已注销或无法联系，将影响您的入职。
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针对协商解除合同是否留档案的直接回复，可依据《中华人民共和国档案法》及相关劳动法规进行法律分析：
根据《中华人民共和国档案法》第十四条规定，“应当归档的材料，按照国家有关规定定期向本单位档案机构或者档案工作人员移交，集中管理，任何个人不得拒绝归档或者据为己有”。若协商解除合同的书面协议属于“应当归档的材料”（如用人单位内部规定需存档的劳动关系文件），则需按规定存入档案。

同时，《劳动合同法》第五十条明确：“用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。”此处的“档案”包含劳动关系变动的相关材料，若用人单位依法办理档案转移，协商解除合同的证明或协议通常会随档案转移并留存。

综上，若协商解除合同的材料属于法定或单位规定的归档范围，则会留存在档案中；反之则可能不存入。

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